1453 yılında İstanbul'un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet'in emriyle Khora kilisesinin mozaik ve freskleri muhafaza edilmiş, bu eserler sıva ile kaplanmıştır.
II. Bayezid tarafından camiye çevrilen yapıya bir minare eklenmiştir. 29 Ağustos 1945'te Türkiye Cumhuriyeti Bakanlar Kurulu kararıyla Kariye Camii, Kariye Müzesi'ne dönüştürüldü. Üzeri sıvayla kaplanan mozaik ve freskler yeniden ziyarete açıldı.
Farklı dönemlerde birçok yenileme sürecinden geçen mekan, 21 Ağustos 2020 tarihli Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi doğrultusunda yeniden cami statüsüne dönüştürüldü.
Kariye Camii'nde cemaatle namaz kılınmaya başlandı. Cuma namazı bugün ilk kez kılınacak.
79 yıl sonra Kariye Camii'nde ezan okuyorum. 1945 yılında müzeye dönüştürülen yapı, restorasyonun ardından ibadete açıldı. pic.twitter.com/hkwKefozVq
— TRT Haber Canlı (@trthabercanli) 10 Mayıs 2024